Sequenziando il genoma del coronavirus SARS-CoV-2 attraverso uno specifico software, un team di ricerca internazionale guidato da scienziati statunitensi ha identificato un gene “nascosto” nel patogeno. Si tratta di un cosiddetto “gene sovrapposto” chiamato ORF3d che si annida sugli altri. Al momento il suo ruolo non è noto.
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SALUTE 11 NOVEMBRE 2020 10:38
di Andrea Centini
in foto: Il nuovo coronavirus visto al microscopio elettronico in falsi colori. Credit: NIAID–RML
All’interno del codice genetico del Coronavirus SARS-CoV-2 è stato scoperto un gene nascosto, del quale non è ancora chiaro il ruolo. Potrebbe aver favorito la capacità pandemica del patogeno emerso in Cina, così come essere in grado di influenzare l’esito clinico dell’infezione (chiamata COVID-19), ma al momento si tratta solo di supposizioni. Nello specifico si tratta di un gene sovrapposto (overlapping gene), la cui sequenza nucleotidica – le “lettere” di cui si compone – si annida tra quelle di altri geni. Per questa ragione i cosiddetti “geni all’interno di altri geni” sono molto complicati da rilevare, pur essendo piuttosto comuni nei genomi virali. In tutto il SARS-CoV-2 ospita una quindicina di geni classici.
A identificare il gene sovrapposto nel codice genetico del coronavirus è stato un team di ricerca internazionale guidato da scienziati dell’American Museum of Natural History, che hanno collaborato a stretto contatto con i colleghi dell‘Università Tecnica di Monaco (Germania); del Centro di ricerca sulla biodiversità dell’Accademia Sinica di Taiwan; del Dipartimento di Scienze Patobiologiche dell’Università del Wisconsin-Madison; dei Dipartimenti di informatica, genetica umana e medicina computazionale dell’Università della California di Los Angeles e diversi altri istituti.
Gli scienziati, coordinati dal professor Chase W Nelson dell’Istituto per la Genomica Comparativa del museo americano, hanno identificato il gene sovrapposto – chiamato ORF3d – dopo aver sequenziato il genoma del coronavirus attraverso uno specifico software, sviluppato dallo stesso Nelson.
Il medesimo gene era stato identificato in precedenza anche in un altro coronavirus che circola nei pangolini, animali che si ritiene abbiano fatto da “ponte” al SARS-CoV-2, permettendo il salto di specie (spillover) all’uomo. Naturalmente senza alcuna colpa, dato che questi mammiferi vengono cacciati e uccisi dai bracconieri per la carne e soprattutto le squame, sfruttate a tonnellate nel mercato nero legato alla medicina tradizionale asiatica.
Un gene omonimo è stato identificato anche nel SARS-CoV, il coronavirus responsabile della SARS, tuttavia codifica per una proteina differente e dunque non si tratta dello stesso gene sovrapposto. La proteina prodotta da ORF3d produce una forte risposta anticorpale nei pazienti, quindi gli scienziati ritengono sia prodotta durante l’infezione. Come indicato, non è tuttavia chiaro il ruolo del gene sovrapposto, sia nell’ottica della trasmissione che dell’impatto clinico. “La sovrapposizione dei geni può essere una delle armi evolute nei coronavirus per replicarsi in modo efficiente, contrastare l’immunità dell’ospite o farsi trasmettere”, ha dichiarato in un comunicato stampa il professor Nelson.
Nei genomi virali i geni sovrapposti sono piuttosto comuni, e tenendo presente che il coronavirus SARS-CoV-2 è uno dei più lunghi virus a RNA in assoluto (ben 30mila coppie di basi), gli scienziati non sono sorpresi che possano sfruttare questi “trucchi genomici”. Solo studiando a fondo il patogeno si comprenderà la funzione del gene nascosto e capiremo se si potrà sfruttare questa caratteristica per colpirlo con farmaci mirati.
I dettagli della ricerca “Dynamically evolving novel overlapping gene as a factor in the SARS-CoV-2 pandemic” sono stati pubblicati sulla rivista scientifica eLIFE.